Neben dem Einsatz von Schmerzmitteln kommen Hormontherapien oder eine Operation bei der Behandlung von Endometriose in Frage. Ziel ist die Entfernung der Endometrioseherde, welche durch eine Operation direkt entfernt, durch eine Hormontherapie „ausgetrocknet“ werden. Zur Wiederherstellung der Fruchtbarkeit ist oft eine Kombination aus beidem notwendig.
Durch das Einsetzen von Hormonen wird ein künstlicher Wechsel herbeigeführt. Der Zyklus wird unterbunden und die Frau hat keine Regelblutung mehr. Durch diesen Prozess erfolgt auch keine Stimulation der Endometrioseherde mehr. Diese können sich nun zurückbilden und eintrocknen.
Der Einsatz dieser Hormone sollte allerdings nicht länger als sechs Monate erfolgen. Wechselwirkungs-spezifische Nebenwirkungen wie Gewichtszunahme, Depression, Hitzewallungen sind möglich.

Hormontherapien
Folgende Hormone kommen abhängig vom Befund in Frage:
o Die normale Pille (Kombinationspräparate)
o Reine Gestagenpräparate
o Antiöstrogene
o Antigestagene
o GnRh-Analoga (Medikamente zur Herbeiführung eines künstlichen Wechsel)

Die Operation
Das Ziel der operativen Therapie ist die Zerstörung vorhandener Endometrioseherde mittels Strom-, Laser oder Hitzekoagulation. Während einer Operation können außerdem mögliche Zysten an den Eierstöcken entfernt werden.

Einige wenige Ausprägungen der Endometriose reagieren nicht auf den Hormonzyklus. Diese bleiben dann auch nach den Wechseljahren oder nach Totaloperation bestehen.